Le premier musée d'Annecy est créé en 1842, sous l’égide de la Société Florimontane. C'est un musée éclectique, régionaliste et d'histoire naturelle. Il occupe une salle de la bibliothèque. En 1856, Joseph Serand présente un projet de musée lapidaire (pierres précieuses) puis de 1854 à 1857, Gabriel de Mortillet étend son propos géologique, suivi par Joseph Ducret jusqu'en 1860. Le musée s'installe à l'hôtel de ville lorsque celui-ci est construit. Louis Revon conservateur à partir de 1860 collectionne à peu près tout (peintures, sculptures, estampes, objets d'ethnologie et d'histoire naturelle); les fouiles de Boutae enrichissent les collections en objets gallo-romains sous la direction de Marc Leroux; lors du rachat du château en 1952, le musée s'y installe. Une collection d'art contemporain a été initiée dès la fin de la seconde guerre mondiale. En 1993, il intégre un observatoire des lacs alpins. Les collections spécifiques au cinéma d'animation étaient provisoirement présentées dans l'ancien séminaire (musée départemental) et sont en cours de transfert dans un musée spécifique installé dans l'ancien haras (ouverture prévue en juin 2016). L'ancien séminaire, lui pourrait accueillir un musée départemental de peinture où le musée-château déposerait les siennes (jusqu'au 19e siècle). Elles sont actuellement très mal éclairées.
On ne peut donc voir qu'une partie infime de ces riches collections; souhaitons qu'à l'avenir, une ou plusieurs salles en présente une présentation complémentaire de l'exposition permanente et constamment renouvellée. Une exposition temporaire plus ambitieuse (comprenant des prêts d'autres musées et demandant beaucoup de préparation) est présentée au moins une fois l'an. De nombreux objets sont partagés avec des musées régionaux (musée des Beaux-arts de Gaillac pour les peintures de Firmin Salabert) ou ont abouti (par l'effet des donations) dans des musées parisiens (Ephèbe des fins au musée des Beaux-arts de la Ville de Paris).
Les œuvres d'inspiration religieuse sont nombreuses dans la région.
Les expositions, presque toujours remarquables (malgré un défaut répété concernant les éclairages), rassemblent des œuvres extérieures et de nombreuses œuvres présentes dans les réserves. C'est souvent la seule occasion qui vous permettra d'admirer ces dernières (ce que l'on ne peut que regretter).
Le passé à la loupe: enquête sur les trésors romains d'Annecy (2019) ↑
Malheureusement l'éphèbe en bronze de 63 cm découvert aux Fins (Boutae à l'époque romaine) en 1867 fait partie des collections des musées de la ville de Paris; il peut être vu au Petit-Palais et n'a jamais pu être présenté au château d'Annecy.
Autres découvertes de la "trouvaille des Fins" (Musée du Petit Palais, Paris):
En 1959, Michel Fleury découvre le sarcophage d'une reine mérovingienne, Arégonde, une des six épouses de Clotaire, inhumée entre 565 et 590 dans ses 70 ans. Ses vêtements ont pu être reconstitués (manteau de soie pourpre) et les riches bijoux découverts déposés au musée d'archéologie nationale de Saint-Germain en Laye.
Le clou de l'exposition était constitué des fabuleux bijoux d'Arégonde (pour un fois qu'une grand musée accepte un prêt au musée d'Annecy). Il est vrai que les salles ou ces bijoux devraient être exposées à Saint-Germain sont fermées pour une durée indéterminée (il s'agit d'en moderniser la présentation).